理化学研究所 生命機能科学研究センター 形態形成シグナル研究チーム(林 研究室)

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ImageJ Plugins

独自開発のImageJ Pluginを公開!

当研究室で開発したImageJ用のpluginです。
ダウンロードしてお試しいただけますので各リンクよりお進みください。
ただし、ここにある全ては一部の環境でのみの動作を確認しています。
(Mac, ImageJ java 1.8.0_60 build以降)
ご使用は各自の責任においてお願い致します。
一部のjarファイルには内部にマニュアルがありますので一読されることをおすすめします。
使用に関して質問や、不具合等ありましたら「和田」までご連絡頂けると幸いです。

なお、一部のソースコードはGithubのレポジトリで公開しています。

https://github.com/Wada-H

Oracle Java8ライセンス変更による影響

2019.7.4現在、MacOS用Fijiにおいて下記のプラグインが起動ができません。これはこれらのプラグインがUI部分にJavaFXを利用しているためです。他のJavaFXを利用しているプラグインも同様で、いくつか使用できないものがあるようです。

現在FijiなどではOracle Java8のライセンス変更によりMacOS用はAdoptJDK8を使用してビルドを行っていますが、これにはJavaFXが含まれておりません。Fiji開発陣は今後Java11への移行を考えているようです。これにより公式に用意されいるJavaFX11を使用することができ、比較的簡単に使用者がJavaFXを利用することができます。しかしながらJava11でのビルドには時間がかかるため(おそらくコード変更が必要)、並行してAdoptJDK8にJavaFXがバンドルされるように働きかけるようです。ただし、これも難しい気配がしており当面は旧バージョンで使用するのが簡単な方法と思われます。

  • SplitViewCoodinator
  • ColorRangeExtractor
  • FRETratioFx
  • PeakConnectorFX
  • CrossSectionViewer

公開リスト

  • AutoCutB : バックグラウンドを画像から除いた画像を作成
  • AutoEnhance : 1枚目の画像の平均輝度に合わせるように以降の画像に数値を掛け合わせた画像を作成
  • CoordinateShift : 自動および手動による画像の位置合わせやクロスセクション画像の作成
  • Original Lut files : 自作のLutファイル
  • SplitViewCoordinator : SplitViewの画像における各チャンネルを切り出した画像を作成
  • CellDetection : 細胞の輪郭など境界部分を認識しROIを決定し、そのROIを記録、測定
  • CrossSectionViewer : Line上の断面画像を表示するplugin
  • ColorRangeExtractor : R, G, Bのそれぞれの範囲を決めて抜き出すplugin
  • ReduceSpikeNoise : Spike noiseを除去
  • ClippingArray : ROIで囲まれた部分を切り取り、Kymogroph画像を作成
  • SaveMov : mov(QuickTime)形式の動画を作成
  • FRETratioFx : 2チャンネル画像において比を求め、画像をつくる
  • ZTinterpolation : ZおよびT軸に対して補間画像を作成
  • TPIV : 時間軸に対してPIVを行い、画像を作成
  • MovieLoader: ムービーファイルを読み込む
  • MovieToTiff: ムービーファイルを表示することなくTiffへ変換

公開保留リスト

  • SegmentMeasure : 選択したROIの一部の長さを測定
  • ZRangeSelector : Z軸の範囲をtimepoint毎に任意に選定した画像を作成
  • SaveWebM : webm形式の動画を作成
  • LutSelector : Look up tableを選択、反映可能なフレームの表示
  • ZahyoHyper : 設定したROIを用いクリックした座標とそのROIの平均輝度の測定、記録
  • PeakConnectorFX

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