理化学研究所 生命機能科学研究センター 形態形成シグナル研究チーム(林 研究室)

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3D画像表面のプロジェクション

湾曲した表面などを任意の厚みで抽出し、展開画像を作成するための汎用性の高いImageJプラグイン

荒い目のメッシュを用いることで細かな凹凸を無視した抽出が可能

ソースコード : https://github.com/Wada-H/SheetMeshProjection

Package file

  • SheetMeshProjection_.jar
  • CrossSectionViewer_.jar
  • samleData – HypocotylComposite.tif, roidata1
  • manual-Japanese.txt
  • manual-English.txt

*samleDataに使用している画像は下記論文で使用している画像に少し手を加えた画像を使用しています。

Erguvan Özer, & Verger Stéphane. (2019). Dataset of confocal microscopy stacks from plant samples – ImageJ SurfCut: a user-friendly, high-throughput pipeline for extracting cell contours from 3D confocal stacks [Data set]. Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.2577053

インストール方法:

ImageJ

Fiji

  • ImageJ Updater(Help>Update…)のManage update sites に下記URLを追加する
  • https://sites.imagej.net/SheetMeshProjection/
update-siteのリスト画像

Sample Movie:

Sample Movie 1 (386MB)

更新履歴:

~ Update ver. 1.0-20200824 ~

  • Priority機能の追加。

~ Add update site on Fiji 20200717 ~

  • これに伴いInterractive_3D_Surface_Plot-3.0.0に合わせて一部修正

~ Update ver. 1.0-20200629 ~

  • シングルチャンネルでの動作に対応
  • 主画像とXZ, YZイメージの色が同期するように改善

~ Released ver. 1.0-20200528 ~