理化学研究所 生命機能科学研究センター 形態形成シグナル研究チーム(林 研究室)

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時系列画像に対してPIVを行うplugin


時系列画像に対してPIVを行うplugin

説明

各注目領域における移動量の計算にはCoordinateShiftで使われているLineProjection methodを使用している。

これにより基本的な相関やFFTを用いた方法よりも高速な処理が可能と思われる。

ただし、正確性や検出力が劣る可能性も考えられる。-> ver.20180613で大きく改善

矩形ROI選択部分のみの処理。

元画像複製、blank画像に対してArrow ROIによる表示。

元画像複製、blank画像に対して長さによって色分けした矢印を書き込んだ画像の表示。

3×3 Median filterを用いた補正。

Manual

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Sample movie

ver.20180613: 使用例 使用画像元(https://sites.google.com/site/qingzongtseng/piv)
CoordinateShiftを用いて補正後の画像に対してwidth 32, height 32, overlap 50, extend value 1 で処理。その後 Save Movにて QuickTimeムービー化

更新履歴

~ update 20190403 ~

  • ImageJ 1.52n以降の仕様変更に対応

~ version up 20180718 ~

  • 角度による色分け機能の追加(HSBに当てはめる)
  • 角度を色相環に沿った色分けとして、彩度を最大値、明度を矢印の長さを最大10pixelとして10分割で表現。(10を超えるものは10とする)
  • *これにより移動度の小さいものは黒に近くなり背景が黒であれば目立ちにくくなるが、値としては存在している。

~ version up 20180613 ~

  • LineProjection methodの改良によりsubpixelのshiftが可能。
  • これにより精度を上げることが可能になった。

~ update 20150604 ~

  • コードの整理。
  • また、一部の処理を並列化することで高速化を実現。

~ version up 20151217 ~

  • 座標データをtsvへ書き出す機能を追加。

~ First uplaod 20150528 ~