理化学研究所 生命機能科学研究センター 形態形成シグナル研究チーム(林 研究室)

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Timelapse画像のT軸に対して位置合わせをするplugin

Timelapse画像のT軸に対して位置合わせをするplugin

主な機能:

  • 数種のmethodによる画像の位置合わせ
  • 手動による位置合わせ
  • projection機能(範囲指定機能付き)
  • cross section 画像の表示
  • mqのファイルタイプixoの読み込み書き込み(座標情報のみ)

使用例:

基本的な使用方法: trachea, fusion cellにおける位置合わせ

更新情報:

~ update 20190403 ~

  • ImageJ 1.52nの仕様変更に対応

~ update 20190107 ~

  • Subpixel化によるtableへのcombineにおける不具合の解消

~ update 20180913 ~

  • Subpixel化によるcross section viewの不具合を解消

~ update 20180613 ~

  • Subpixelを扱えるように改良
  • このため、subpixelを設定した場合の画像の移動は補完値を用いるため注意が必要

~ update 20170921 ~

  • 前回updateによってT軸の移動を素早くやることでフリーズする現象が発覚したため、これの解消

~ update 20170920 ~

  • MacOS Sierraにおける一部動作が不安定になる現象の解消
  • *これによってSierra以前のOSにおける動作が不安定になる可能性あり

~ update 20161209 ~

  • ファイル名をCoordinateShiftHyperからCoodinateShiftへ変更。
  • 一部UIの名称を変更

~ version up! 20160729 ~

  • プロジェクションにおける範囲指定機能を追加

~ update! 20160218 ~

  • Make Orthgonalの不具合を解消

~ version up! 20160202 ~

  • コードの整理(リファクタリング)
  • java1.8へ最適化を行ったため1.8のみに対応
  • shift method を追加(位相限定相関法)

~ update! 20150701 ~

  • Orthogonal imageとの連動を強化。
  • Orthogonal imageの安定化。(LutのDefault値が一瞬現れる不具合の解消)

~ update! 20150514 ~

  • 24bit画像(RGB画像)を用いた際のLUTの設定が”R”,”G”,”B”となるよう変更

~ update! 20150507 ~

  • OrthogonalImage 関連でsingle channelの時におこる不具合の解消。

~ version up! 20150501 ~

  • Orthogonal Imageを元画像とCombineした画像を書き出す機能を追加
  • Export ixo 機能を追加。但し、完全ではないためshift情報以外については要注意。

~ update 20150430 ~

  • Orthogonal image表示時の動作の改善。(安定性と輝度調整の不具合の改善)

~ version up! 20150428 ~

  • View Orthogonal Imageの改善。
  • 複数Channelを表示。Compositeに対応。

~ version up! 20150416 ~

  • View Orthogonal Imageを追加。
  • X-Z,Y-Z imageを表示する。
  • また、ROIを設定すると、その領域のみ切り取って表示する。
  • 選択チャンネルのみの表示に限られる。
  • 非表示時においては計算を行わない。

~ version up! 20150304 ~

  • Backward shift checkbox を追加。
  • *stack画像の最後からshiftを行う

~ version up! 20150303 ~

  • 手動で画像を動かす際に、ドラッグ後の計算をバックグランド処理をすることで待ち時間を少なくした。
  • Shiftボタンを押すと、そこがAbortボタンに変化してShiftを中断できるようになった。

~ version up! 20150225 ~

  • 使用メモリを大幅削減!
  • 従来は1GBのファイルを開いて安全に操作するためには6GBのメモリが必要だった。
  • これを3GBほどでまかなえるようにした。
  • また、設計の見直しによりメモリリークが少なくなったと思われる。->連続使用で落ちにくくなった

~ version up! 20150113 ~

  • ROIを用いたshift計算を実現。それに伴ってshift量の上書きを指定するためのcheckboxを追加

~ version up! 20150109 ~

  • 高速medthodの追加。ボタン配置の変更