FRETratioFx | 理化学研究所　生命機能科学研究センター形態形成シグナル研究チーム（林研究室）

2ch画像から比を計算し画像を作るplugin

2019.7.4現在、最新のMacOS用Fiji(java1.8.0_202)において起動ができません。

詳しくはPluginのトップページを御覧ください。

FRET画像(例 : ch1 -> CFP, ch2 -> CFP-YFP など)のピクセル毎の比を計算し、その値で画像を作る

大きな特徴として、IMD形式に対応している。

*LUTファイルは別途ダウンロード -> Original LUT file

FRET画像を単純にZ projectionをすると色が破綻する問題があります。

これを解消するためのHSBprojectorも参照ください。

Drosophila embryo, CFP-YFP probe(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29983336/), Left: 440nm / CFP, Right : 440nm / YFP

Left: ch2 / ch1 * 100 * 300, Right: ch1 / (ch1 + ch2) * bitMaxValue (Cut off under “bitMaxValue / 100”), LUT: 16colors

Left: Like IMD (min – 0.25, max – 1.0, LUT: LMD2), Right: IMDwithHSB (min – 0.25, max – 1.0)

AutoCutBの挙動の改善(離散的な分布を示す画像においてある程度modを認識可能)
LutSelectorの挙動の改善(windowを閉じてもプログラムが残ってしまう事への対応とその他の改善)
なおLutSelectorの挙動が一部不安定な場面がある。Lutファイルのファイル名にあるスペースはアンダーバーへ変更すること。(ImageJ本体のスペース、アンダーバーの変換に関する挙動の影響を受けている)